Ministerstvo financií Slovenskej republiky vydalo usmernenie č. MF/019153/2018-724 o určení obsahu dokumentácie k transferovému oceňovaniu. Na základe tohto usmernenia je spoločnosť teoreticky povinná viesť dokumentáciu o kontrolovaných transakciách so svojimi závislými osobami v minimálnom rozsahu, ktorý je v súlade s jedným z týchto troch typov dokumentácií: úplná dokumentácia k transferovému oceňovaniu, základná dokumentácia k transferovému oceňovaniu, skrátená dokumentácia k transferovému oceňovaniu. Dokumentácia k transferovému oceňovaniu sa vypracúva pre každú kontrolovanú transakciu alebo skupinu kontrolovaných transakcii samostatne, preto v praxi nastáva situácia, že ak má spoločnosť viacero kontrolovaných transakcií, tak pre každú z nich musí viesť dokumentáciu k transferovému oceňovaniu v inom rozsahu.
Dokumentácie v skrátenom alebo základnom rozsahu síce formálne spĺňajú dokumentačnú povinnosť podľa usmernenia, v praxi pri daňovej kontrole sú však spravidla nepostačujúce. Neobsahujú totiž úplné podklady na preukázanie súladu s princípom nezávislého vzťahu (napr. neobsahujú porovnávaciu štúdiu). Preto pre transakcie so závislými osobami vo väčších objemoch odporúčame vždy úplnú dokumentáciu.
Závislé spoločnosti by si mali medzi sebou fakturovať služby za ceny, za ktoré by si podobné služby fakturovali nezávislé spoločnosti. V praxi používame najčastejšie metódu čistého obchodného rozpätia na overenie toho, či fakturované ceny medzi závislými osobami boli na úrovni trhových cien. Pri použití metódy čistého obchodného rozpätia sa používajú rôzne identifikátory ziskovosti (napríklad čistá zisková prirážka k nákladom, obchodná prevádzková marža atď.), prostredníctvom ktorých sa vypočíta celkové a vnútrokvartilové rozpätie výsledkov ziskových ukazovateľov porovnateľných spoločností, ktoré boli identifikované prostredníctvom porovnávacej štúdie (najčastejšie sa používa databáza TP Catalyst, Orbis, Amadeus a ďalšie). Na základe týchto výsledkov ziskových ukazovateľov nezávislých spoločností, ktoré poskytujú porovnateľné služby, vie spoločnosť overiť, či zisková prirážka za skúmané ceny transakcií so závislou osobou bola na úrovni trhových cien (t. j. hodnota ziskovej prirážky by mala byť v rámci vnútrokvartilového rozpätia výsledkov ziskových prirážok z porovnávacej štúdie). Porovnávacia štúdia je súčasťou úplnej dokumentácie k transferovému oceňovaniu.
Týmto prístupom spravidla nezískam dosť dobré porovnateľné nezávislé údaje, ktoré by daňový úrad akceptoval. Hlavný problém je, že konkurenčné spoločnosti sú takmer vždy tiež súčasťou nadnárodnej skupiny, nie sú nezávislé, a teda ich ceny a ziskovosť tým môžu byť ovplyvnené. Podľa metodiky transferového oceňovania musím spoločnosti, ktoré sú súčasťou nadnárodnej skupiny, z porovnávania vylúčiť.
Zmluvný výrobca je odborný termín, ktorý sa v transferovom oceňovaní používa veľmi často a je typický pre slovenský výrobný sektor. Tento termín nie je priamo definovaný v zákone o dani z príjmov ani iných usmerneniach vydaných Ministerstvom financií SR, ale je bližšie opísaný v smernici k transferovému oceňovaniu pre nadnárodné spoločnosti a daňové správy. Termín zmluvný výrobca často používa aj daňový úrad v prípade daňovej kontroly zameranej na transferové oceňovanie. V praxi to znamená, že spoločnosť, ktorej funkčný a rizikový profil je charakterizovaný ako zmluvný výrobca nadnárodnej skupiny, by mala dosahovať nízku a stabilnú ziskovosť (t. j. zmluvný výrobca by nemal dosahovať straty). Na obhajobu výšky jeho ziskovosti sa používa porovnávacia štúdia napr. z TP Catalyst, ktorá je pri daňovej kontrole detailne preverovaná.
Podľa zákona o dani z príjmov (§ 18 odsek 1) je princíp nezávislého vzťahu založený na porovnávaní podmienok dohodnutých v kontrolovaných transakciách medzi závislými osobami s podmienkami, ktoré by medzi sebou dohodli nezávislé osoby v porovnateľných transakciách za porovnateľných okolností v príslušných obdobiach. Vo všeobecnosti to znamená, že transakcie medzi závislými osobami by mali byť uskutočňované za podmienok a cien, aké sú bežné v trhovom prostredí medzi nezávislými spoločnosťami. Princíp nezávislého vzťahu sa na daňové účely vlastne snaží medzi závislými osobami imitovať obvyklé trhové správanie.
Daňová kontrola trvá zvyčajne jeden rok (s možnosťou predĺženia o ďalší jeden rok) a končí sa dnom doručenia protokolu z daňovej kontroly. Po ukončení daňovej kontroly (vydaním protokolu z daňovej kontroly) nasleduje vyrubovacie konanie, ktoré musí byť ukončené vydaním rozhodnutia do 3 mesiacov. Daňovník má možnosť sa voči rozhodnutiu odvolať do 30 dní od doručenia rozhodnutia. Ak tak daňovník urobí, tak rozhodnutie daňového úradu preskúma odvolací organ (v tomto prípade Finančné riaditeľstvo SR), ktoré rozhodnutie daňového úradu buď potvrdí, zruší, alebo vec vráti na ďalšie konanie. Ak Finančné riaditeľstvo SR potvrdí rozhodnutie daňového úradu, tak sa už daňovník nemôže znova odvolať a rozhodnutie sa stáva právoplatné. Daňovník má následne viaceré možnosti, ako sa ďalej brániť, napr. podaním žaloby na súd alebo začatím procedúry vzájomných dohôd smerujúcej k zabráneniu dvojitého zdanenia (v prípade cezhraničných transakcií so závislými osobami). Takže v praxi sa stáva, že celý proces daňovej kontroly až po nadobudnutie právoplatnosti rozhodnutia daňového úradu môže trvať 2-3 roky.