I 2002 indførte Danmark en tonnageskatteordning for rederier, der er beskæftiget med skibstransport af gods og personer. Ordningen har til hensigt at sikre og styrke disse rederiers konkurrenceevne i det globale marked. Senest er det også blevet muligt for såkaldte operatørselskaber at anvende ordningen.
I tonnageskatteordningen vil rederiets skat ikke blive opgjort efter dets egentlige indtægter og udgifter, men på baggrund af, hvor mange nettotons bæreevne rederiet har til rådighed via dets skibe. Rederiet bliver således beskattet på grundlag af en fiktiv skattepligtig indkomst, baseret på den tonnage rederiet råder over i det pågældende indkomstår.
Rederiets indkomst opgøres som et fast beløb pr. skib efter en degressiv skala afhængig af skibets bæreevne. Beskatningen sker uanset, om skibet har været i drift eller ej, og uafhængigt af hvordan rederiets faktiske driftsresultat er det pågældende år.
Samtidig er det ved indgang i ordningen ikke længere muligt at foretage skattemæssige afskrivninger på skibe og andre driftsmidler, der anvendes i rederivirksomheden. Skibe og andre driftsmidler der anvendes i ordningen skal derfor ikke føres på almindelige afskrivningssaldi, men på selvstændige saldi, der holdes adskilt fra driftsmiddelsaldi tilhørende eventuelt "almindelig" skattepligtig virksomhed.
Et rederi skal som udgangspunkt foretage et valg om indtræden i tonnageskatteordningen det første indkomstår, hvor rederiet er kvalificeret til ordningen. Valget eller fravalget er bindende i en 10 års periode. Sambeskattede rederier skal som hovedregel træffe samme valg.
